Hola, mi nombre es Iván. He hecho trabajos similares (incluso aún hago algunos ajustes a día de hoy) para algo bastante parecido a lo que pides con una base de datos con más de 15000 contactos y varias tablas relacionadas.
Lo realicé mediante programación de scripting en consola Microsoft, lo que actualmente es Power Shell en windows y en Excel como tabla de resultado que posteriormente exporte en CSV a la base de datos actual.
El coste en horas no te sabría decir, pero muchas, sobretodo porque hay que hacer mil y una pruebas de control hasta obtener el script final, el cual en unos minutos (depende del equipo) se ejecuta y deja todo listo : )
Lo más complejo de lo que pides es el tema de extraer de los campos libres como observaciones, pero eso con expresiones regulares se puede conseguir.
El coste dependerá de cuantos campos, transformaciones y extracciones haya que realizar, cuando hice lo que te comento fueron casi 20 procesos, ej:
1. para extraer emails
2. para comprobar formatos del campo X
3. para comprobar formato nif
4. para normalizar palabras (Cataluña == Catalunya)
5 .... y así sucesivamente...
Puedo valorar a priori el trabajo en 3500 euros + iva, que puede ser menos o puede ser más, algo que sabremos cuando nos pongamos a la faena y antes de estar metidos hasta las orejas : )
Lo más importante es el control de la ejecución y antes de todo dejar muy claro todos los puntos a realizar (esto no se sabe 100% hasta meterte en faena).
El producto final sería el script de migración, de tal forma que vosotros pondríais los excel con los datos actuales, ejecutaríais el script y obtendríais el resultado. De este modo podríais hacerlo tantas veces como fuese necesario y en los momentos que creyeseis oportunos.
Si están interesados no duden con contactar conmigo.
Un saludo!