Hola, tengo experiencia en SugarCRM por que yo estaba a cargo de instalar, mantener, personalizar y actualizar el que utilizábamos en la empresa en la que trabajaba. Por mi propia cuenta, realice varias mejoras que me pidió el encargado, que incluían incluso modificar el código fuente o la estructura de la base de datos.
Los cambios que necesitan hacer son sencillos, y podemos ir realizando más mejoras a medida que vayan surgiendo nuevas necesidades, o ideas. Lo podemos implementar directamente en su servidor a través de un escritorio remoto, además de entregarles copias de los archivos con los cambios e instrucciones para implementarlos en caso de reinstalar o actualizar.
Sería importante conocer exactamente cual es la versión que manejan para instalarla y realizar todas las pruebas antes de la entrega.